Las comunidades embera chamí y katío de Puerto Boyacá provienen de la cuenca alta del río San Juan,ubicado entre los departamentos de Risaralda y Chocó. El Alto San Juan recoge las aguas que discurren de la vertiente oeste de la cordillera Occidental, a la altura del noreste del departamento de Risaralda y suroeste de Antioquia, entre los 1.000-2.000 msnm. En Risaralda el río recorre los municipios de Mistrató y Pueblo Rico. Los principales afluentes del San Juan en Risaralda son: el río Agüita (Mistrató) y el río Tatamá (Pueblo Rico). El principal centro poblado es el corregimiento de Santa Cecilia ubicado en el municipio de Pueblo Rico y sobre el área se constituyeron dos resguardos -Unificado de Chamí y Gito Docabú- y dos figuras de conservación -el Parque Natural Nacional Tatamá y el Distrito de Manejo Integrado de la Cuchilla del San Juan
La cuenca alta finaliza en el municipio de Tadó (Chocó) con una pendiente entre los 400-600 msnm. El ecosistema que predomina en este sector es de bosque pluvial tropical y bosque húmedo tropical. En la extensión chochoca los principales ríos que desembocan en el río San Juan son: Guarato, Lloraudó, Condoto, Tarena, Mondó y Bochoromá. En esa área hay cinco resguardos sobre los ríos que desembocan al San Juan: Silencio, Bochoroma, Mondó-mondocito, Tarena y Peñas del Olvido, que coexisten con las tierras colectivas del Consejo Comunitario Mayor del Alto San Juan (ASOCASAN).
La principal vía de acceso que conecta a Quibdó con Pereira fue terminada en el año 1992, su recorrido cruza el municipio de Pueblo Rico y bordea el río San Juan desde el corregimiento de Santa Cecilia con destino a Tadó. Las comunidades embera del Alto San Juan se identifican como embera chamí y embera katío. La población chamí ocupa el resguardo Unificado de Chamí y los demás resguardos son de pertenencia katío.